Công đoàn Cục Đường sông Việt Nam thành lập từ năm 1966 và được tái thành lập ngày 19-5-1993. Công đoàn Cục Đường sông Việt Nam có nhiệm vụ tham gia với Cục trưởng trên các lĩnh vực thuộc nghĩa vụ và quyền lợi của CNVC-LĐ ngành Đường sông; Tham gia các Hội đồng của Cục theo trách nhiệm và quyền của Công đoàn đã được Luật định. Tham gia xây dựng các dự án luật, các văn bản dưới luật, các chính sách, chế độ, quy trình, quy phạm về quản lý chuyên ngành; Nghiên cứu, tổng hợp ý kiến, kiến nghị của các cấp công đoàn trong Ngành để cùng Cục trưởng giải quyết; Tham mưu cho Công đoàn ngành GTVT Việt Nam về những vấn đề liên quan đến lợi ích CNVC-LĐ và quản lý Ngành; Phối hợp chỉ đạo ngành nghề các Công đoàn cơ sở Đường sông địa phương và các Công đoàn thuộc các thành phần kinh tế ngoài quốc doanh.